एक बहादुर कमांडो जिसे कोई डर नहीं है वह पिक्सेल कमांडो गेम में आतंकवादियों के साथ लड़ाई में उतरेगा। दस्यु समूहों को शुरू में ही नष्ट करने के लिए उसने सीधे आतंक की मांद में अपना रास्ता बना लिया, जहां उग्रवादी अड्डे छिपे हुए हैं। नायक की मदद करें, चाहे वह कितना भी बहादुर क्यों न हो, उसे ठगों की सेना से अकेले ही लड़ना होगा। लेकिन नायक ने हिम्मत नहीं हारी, वह ख़ुशी-ख़ुशी जंगल में घूमता हुआ आग की कतार में खड़े उग्रवादियों पर गोली चलाता रहा। एक शक्तिशाली बॉस वह आखिरी व्यक्ति होगा जिसे आपका हीरो पिक्सेल कमांडो में नष्ट कर देगा। उसे चतुराई से नियंत्रित करें ताकि वह जीवित रहे और प्रत्येक स्तर के अंत तक सफलतापूर्वक पहुंचे।
