पिक्सेल पेंट सॉर्ट गेम के प्रत्येक स्तर पर खिलाड़ियों को जो पिक्सेल चित्र प्रस्तुत किए जाएंगे, वे दूषित हैं। उनमें पिक्सेल मिश्रित हैं, और आपका कार्य पिक्सेल को क्रमबद्ध करना और उन्हें उनके स्थान पर लौटाना है। आपको कुछ पिक्सेल हटाकर प्रक्रिया शुरू करनी होगी; उन्हें चित्र के नीचे सहायक पैनल पर रखा जा सकता है। इसके बाद, आप छवि के कुछ पिक्सेल को सीधे मुक्त क्षेत्र में स्थानांतरित कर सकते हैं। इस तरह आप पिक्सेल को तब तक हिलाते रहेंगे जब तक आप उन्हें उनके स्थान पर वापस नहीं लौटा देते। जब ऐसा होता है, तो छवि पिक्सेल पेंट सॉर्ट में पुनर्स्थापित हो जाएगी।
