મશરૂમ કિંગડમ પર એલિયન આક્રમણ થયું છે. એલિયન રોબોટ્સ પ્લેટફોર્મ અને શેરીઓમાં ચાલે છે, બધા રહેવાસીઓને તેમના લોખંડના પંજાથી ધમકી આપે છે. મારિયો એકમાત્ર એવો છે જે આક્રમકનો પ્રતિકાર કરવામાં સક્ષમ છે, તેણે પહેલેથી જ મશરૂમ્સ ખાધા છે, એક મોટો સુપર મારિયો બની ગયો છે, પોતાની જાતને હથોડી અને પત્થરોથી સજ્જ કરી છે અને લડવા માટે તૈયાર છે. હીરોને મદદ કરો, તે ખૂબ જ ઝડપથી આગળ વધશે, અને નીચલા જમણા ખૂણામાં પસંદ કરેલા બટનો દબાવીને, તેને કાં તો પથ્થર ફેંકવા અથવા દુશ્મનના માથા પર હથોડી મારવા માટે બનાવો. મોટા રોબોટ્સ પર પથ્થર ફેંકવું વધુ સારું છે. અને નાના લોકો માટે, સુપર મારિયો રનમાં માથા પર જોરદાર ફટકો પૂરતો છે.